Nejsem si úplně jist, zda dotazu správně rozumím, ale s inverzními napájecími vrstvami to vypadá zhruba takhle:
Rozhodnutí, že nějaká vodivá vrstva bude inverzní, je věc uživatele a Layout o něm "neví" (stejně jako neví o tom, že jiná vrstva bude sloužit třeba pro lepidlo). Aby Layout fungoval konsistentně, měly by v ní být jen pady (mají-li otvor), a sice pady s ploškami pouze typů Annulus a Thermal, a čára tvořící obrys desky (to z technologických důvodů, aby se měď na hraně desky nedostala ven). Layout pak bude všechny pájecí body, které mají Thermal na téže vrstvě, pokládat za spojené. (To také znamená, že nevezme na vědomí žádné dělicí čáry, které na inverzní vrstvě případně nakreslíte; můžete je sice užít, ale pak za správnou konektivitu ponesete odpovědnost sám.)
Prokovky by měly mít na všech inverzních vrstvách typ Annulus, aby je autorouter užíval správně. K inverzní vodivé vrstvě router sám připojit vodič prokovkou neumí -- uživatel to musí udělat ručně, pomocí dalšího logického typu prokovky, který má na příslušné vrstvě Thermal.