Dobrý den, obrázek nevidím, proto se pokusím jen odhadnout, oč šlo:
Příkaz Netlist / Compare hledá cosi, co by se dalo nazvat logické zkraty: Desku jste zapojil jinak, než dle importovaného netlistu.
Vedle nich si ovšem můžete vyrobit ještě fyzické zkraty: Na desce máte prvky různých netů tak blízko od sebe, že zasáhnou jeden do druhého, anebo se – jak píšete – dokonce zkříží. Takové situace systém chápe ne jako logický zkrat, nýbrž jako porušení izolační vzdálenosti. Můžete je pohodlně najít např. příkazem Dimensions / Check Violations / All Layers.
Přejete-li si, můžete mi také desku se zkratem poslat (případně i obrázek ke zveřejnění).